Teoria pochodzenia mitochondriów i plastydów

Teoria ta została zaproponowana przez Lynn Margulis (w roku 1970 w książce „The Origin of the Eucariotic CelI”). Jest powszechnie uznawana i świadczy o ogromnej roli bakterii w ewolucji świata ożywionego. Endosymbioza ma miejsce wtedy, kiedy jeden organizm żyje stale w innym z mutualistyczną korzyścią obydwu, co doprowadza do tego, że obydwa organizmy stają się jednym funkcjonalnym organizmem. Stanowi ona jeden z głównych mechanizmów ewolucji i różnicowania roślin i glonów. Plastyd, który wywodzi się z włączenia przez komórkę eukariotyczną do swojego protoplastu organizmu prokariotycznego, który wykazuje pokrewieństwo z sinicami doprowadziły do powstania trzech gromad glonów. Następnie z gromady zielenic wyewoluowały rośliny lądowe. Mitochondrium, które wywodzi się z włączenia przez komórkę eukariotyczną organizmu prokariotycznego wykazującego pokrewieństwo z bakteriami purpurowymi. Mitochondria i plastydy mają wiele wspólnego z bakteryjnymi przodkami. Charakteryzuje je znaczna niezależność. Nie powstają w komórkach de novo, a jedynie przez podział już istniejących organelli. Mają własną maszynerię translacji i własny zdolny do replikacji DNA. Faktem, który popiera teorię endosymbiozy jest, bez wątpliwości, posiadanie przez mitochondria i chloroplasty własnych genomów - nagich kolistych cząsteczek DNA (a więc takich samych jak u bakterii). Poza tym analiza sekwencji genomów wskazuje szereg cech charakterystycznych dla genomów bakteryjnych. Obecne w organellach rybosomy mają podobieństwo do analogicznych struktur bakteryjnych, nie do rybosomów komórek eukariotycznych. Błony otaczające te organelle także są podobne do tych bakteryjnych.